A mediados del 2016, el Consejo de Presidentes de la Asociación Nacional de Fútbol Profesional (ANFP), la máxima autoridad del fútbol chileno, votó la desafiliación del Club Social y de Deportes Concepción del fútbol profesional del país. Esta medida, que sorprendió tanto a los simpatizantes del club como al conjunto de los aficionados chilenos, se explica en una pésima gestión financiera de la institución, que tornó imposible mantener abiertas sus puertas.

ANFPEl comienzo del final se inició con el reclamo del sindicato de futbolistas para paralizar el fútbol, hasta tanto Deportes Concepción se hiciera cargo de la abultada deuda que mantenía con su plantel profesional. Esto derivó en un pedido formal de asistencia de las autoridades del club a la ANFP, para el pago del monto correspondiente y normalizar la situación. Como consecuencia, se verificó la imposibilidad absoluta del club para funcionar, ya que todos los ingresos se encontraban fuera del alcance de sus administradores, y se convirtió en el motivo para la desafiliación. La Asociación, que ya retenía casi la totalidad de los ingresos de Deportes Concepción en concepto de derechos de transmisión de los partidos para el pago de distintos préstamos en los que había incurrido el club, fue intimada por el Sindicato de Futbolistas Profesionales para disponer de la totalidad del dinero de la CDF hasta tanto se saldara el pago a los jugadores.

Las autoridades del CSD Concepción iniciaron el proceso judicial correspondiente para apelar la decisión del Consejo de Presidentes, pero hasta el momento no han recibido un fallo favorable en ninguna de las instancias. La última carta para la presidencia del equipo es el recurso extraordinario, mediante el cual pretende que la Corte Suprema se pronuncie acerca del caso, poniendo punto final a la trama de acusaciones cruzadas entre la ANFP y los simpatizantes y autoridades del club.